監察院於87年建議採行「登記與管理分離」原則及廢止營利事業統一發證制度，消除保護交易安全登記制度遭利用作為管理工具之現象。嗣經行政院經建會委員會同意將行政管理與商業登記分離，並廢止營利事業統一發證制度。並經行政院於88年9月10日核定照行政院經建會結論辦理。

立法院通過廢止營利事業統一發證制度所需修正之相關法律：(一)商業登記法：於97年1月16日總統令修正公布。(二)建築法：於92年6月5日總統令修正公布。(三)電子遊戲場業管理條例：於98年1月21日總統令修正公布。(四)當舖業法：於97年11月26日總統令修正公布。(五)度量衡法：於98年1月21日總統令修正公布。

而於完成立法程序後，行政院核定：營利事業統一發證制度之施行期限至98年4月12日止，亦即自98年4月13日起，公司組織依公司法辦理公司登記；獨資、合夥之商業依商業登記法辦理商業登記後，登記機關核准時，即副知稅捐稽徵機關及都計、建管、消防、衛生等單位，而稅捐稽徵機關則依據公司或商業登記主管機關提供之登記基本資料，視為已申請辦理營業登記（營業登記規則第2條第2項參照）。

為配合行政院研考會電子化政府之推動，登記主管機關於核准登記後，將其登記事項於資訊網站公開，各需用機關可透過本部（網址：http://gcis.nat.gov.tw /index.jsp 商工登記資料）。是以，目前相關作業上，以「營利事業登記證」為據為執行依據者，可透過本部商工登記資料網站查詢，可取得即時之登記資料。

按公司及商業登記之所在地係為法律關係之中心地域，舉凡債務清償、訴訟之管轄及書狀之送達均以所在地為依據，尚非指實際營業行為發生之場所。至於營業場所之管理係屬經常性管理之事項，且實際經營業務之場所並不只一處，為利業者於選定營業場所前，可事先瞭解該場所是否符合所欲經營業務之都計、建管、消防等規定。行政院經建會於98年3月26日邀集相關部會研商「廢除營利事業統一發證制度之後續行政配合措施」會議，並獲致決議節略如下：（一）為利98年4月 13日廢除營利事業統一發證制度之政策順利實施，並降低一般民眾及代辦業 者對於新制實施之疑慮，短期內請內政部儘速召集各縣市政府研商設立「諮詢服務窗口」，以便利民眾得透過此窗口查詢其營業處所之土地使用分區、建築物使用及所得經營之業務；並配合「諮詢服務窗口」設置，由縣市政府消防主管機關，就應加會消防單位之行業別提供予民眾知悉。（二）請內政部比照經濟部及財政部廢除營利事業統一發證之宣導活動，積極向民眾宣導新制實施後有關建築、都計及消防的管理措施，包括如何利用各縣市所設置「諮詢服務窗口」，以善盡向民眾告知之義務。（三）為利新制實施之銜接，配合各縣市政府所設置「諮詢服務窗口」，國稅局進駐於各縣市政府統一發證聯合作業中心人員應暫緩撤離。